Już przed wiekami przeczuwano, jak ważną rolę pełni mózg w życiu człowieka. Pomimo powszechnie spotykanych poglądów na temat dominującej roli serca już starożytni Egipcjanie wiedzieli, że uszkodzenie mózgu może spowodować śmierć lub zmianę w zachowaniu człowieka. W starożytnym Rzymie Galen umiejscowił duszę dokładniej w komorach mózgu. Jako gaz miałaby poruszać się i napędzać naszą świadomość.

Dziś wiemy, że układ komorowy wypełnia płyn mózgowo-rdzeniowy i nie jest to część mózgu odpowiedzialna za funkcje poznawcze, czy tym bardziej generowanie świadomości lub „duszy”. Płyn mózgowo-rdzeniowy jest przesączem krwi wydzielanym w ziarnistościach pajęczynówki a absorbowanym w splotach naczyniówkowych komór. Najbardziej widoczne są komory boczne (ventriculus lateralis) lewa i prawa, znajdujące się wewnątrz półkul. Ich przednia część w obrębie płata czołowego nazywa się rogiem przednim lub czołowym. Ku tyłowi przechodzi w ciało (corpus). Tu znajdują się otwory międzykomorowe (Monro) łączące komory boczne z położoną bliżej środka mózgu komorą trzecią (ventriculus tertius). Tylna część komory bocznej rozgałęzia się na róg tylny (inaczej potyliczny) oraz róg dolny (inaczej skroniowy).

Komora trzecia znajduje się w płaszczyźnie pośrodkowej mózgu pomiędzy prawym a lewym wzgórzem. Jest wąską lecz podłużną przestrzenią o kształcie nieco przypominającym głowę kurczaka. Pośrodku niej znajduje się zrost międzywzgórzowy (adhaesio interthalamica), stanowiący połączenie pomiędzy oboma wzgórzami. W tylnej dolnej części komory trzeciej znajduje się otwór rozpoczynający cienki kanał łączący komorę trzecią z komorą czwartą (ventriculus quartius). Kanał ten nosi dwie nazwy używane zamiennie w mianownictwie anatomicznym: wodociąg mózgu (aqueductus cerebri) lub wodociąg śródmózgowia (aqueductus mesencephali) oraz nazwę zwyczajową : wodociąg Sylwiusza. Prowadzi on do komory czwartej. Ma ona kształt piramidy o czworokątnej podstawie położonej na pniu mózgu, gdzie tworzy strukturę nazywaną dołem równoległobocznym (fossa rhomboidea). Szczyt komory przykryty jest móżdżkiem i jego konarami. Gdy wykonamy przekrój strzałkowy mózgu komora czwarta będzie widoczna jako trójkąt z dwoma kątami połączonymi kanałami z układem komorowym i trzecim kątem przykrytym móżdżkiem. Gdy zaś spojrzymy na mózg od tyłu i wypreparujemy go przecinając korzenie móżdżku by odciąć móżdżek, zobaczymy dno komory czwartej (dół równoległoboczny) otoczoną przez pozostałości konarów. Do dołu równoległobocznego dochodzą cztery otwory. Pierwszy z nich to wspomniany wcześniej wodociąg mózgu doprowadzający płyn mózgowo-rdzeniowy z pozostałych komór. Kolejne trzy odprowadzają płyn. Dwa położone po bokach pozwalają mu odpłynąć do przestrzeni podpajęczynówkowej. Są to otwory Luschki. Czwarty, położony najniżej otwór rozpoczyna kanał środkowy rdzenia kręgowego (canalis centralis medullae spinalis). Kanał ten ciągnie się wewnątrz rdzenia kręgowego aż do poziomu stożka rdzeniowego, gdzie rozszerza się tworząc ślepo zakończoną komorę końcową (ventriculus terminalis) . Każda z komór mózgu ma swój splot naczyniówkowy, czyli sieć naczyń, które wydzielają płyn mózgowo-rdzeniowy.

Po cóż więc ma nam służyć te kilka pustych przestrzeni wypełnionych połową szklanki przezroczystego płynu (objętość płynu mózgowo-rdzeniowego to około 150 ml)? Jedną z funkcji jaką zapewnia jest usuwanie metabolitów z mózgu. Jednak mózg jest wyposażony w system zatok i naczyń krwionośnych, więc ta funkcja wydaje się nie być najważniejszą z pełnionych przez układ komorowy. Znacznie istotniejsza jest ochrona mózgu. Wyobraźmy sobie strukturę mózgu jako podobną do gęstego budyniu. Miliony połączeń komórkowych wewnątrz bardzo delikatnej struktury ważącej około 1400 gram. Nawet stosunkowo delikatne uderzeniu mogłoby ją zniszczyć. Zapobiega temu czaszka. Lecz co zapobiega uszkodzeniu mózgu wywołanemu uderzeniom o czaszkę? Przy upadku, wypadku samochodowym czy jakimkolwiek innym przypadku, gdy powstaje ujemne przyspieszenie, na mózg działają siły przygniatające go do ścian czaszki. By zmniejszyć te siły natura wymyśliła płyn mózgowo-rdzeniowy i system komór rozmieszczonych stosunkowo równomiernie w mózgu, które umożliwiają cyrkulację płynu. Sprężenie płynu w jednym miejscu powoduje przesunięcie go dalej i zmniejsza działające tam siły. Taka amortyzacja pozwala na zmniejszenie ciężaru efektywnego mózgu z około 1400 g do 40 g. Ryzyko uszkodzeń wywołanych przeciążeniami wciąż występuje, lecz ulega znacznemu zmniejszeniu.

Na podstawie obecnej wiedzy neurobiologicznej możemy twierdzić, że nie znajdziemy duszy w komorach mózgu. Pomimo tego funkcje pełnione przez ten zespół struktur okazały się na tyle istotne, że w toku ewolucji większą szansę przeżycia mieli ludzie z dobrze wykształconym układem komorowym.